Los otros encuentros tuvieron lugar en la edición de 2012 de la Copa Libertadores. Ambos equipos compartieron un grupo en el que Fluminense terminó como líder y Boca como subcampeón. En el primer partido, los brasileños ganaron en la Bombonera por 2-1, poniendo fin a una racha de 36 partidos sin derrotas del equipo de Julio César Falcioni. En el segundo partido, Boca se vengó y ganó 2-0 con goles de Darío Cvitanich y Sánchez Miño.
Finalmente, se enfrentaron en los cuartos de final, con Boca aprovechando su localía y llegando a Brasil con una ventaja de 1-0 gracias al gol de Pablo Mouche. A pesar de que Fluminense igualó la serie 1-1 con un gol de Carleto, Santiago Silva anotó el épico gol del empate cuando faltaban minutos para el final, asegurando la clasificación de Boca.
El historial de Boca vs. Fluminense
En total disputaron 7 partidos:
- Boca ganó en tres ocasiones
- Terminaron igualados dos veces
- Fluminense se impuso en dos oportunidades
El detalle de cada uno de los encuentros:
- Boca 3-1 Fluminense, por la Copa Atlántico 1956
- Boca 2-2 Fluminense, por la ida de las semifinales de la Libertadores 2008
- Fluminense 3-1 Boca, por la vuelta de las semifinales de la Libertadores 2008
- Boca 1-2 Fluminense, por la fase de grupos de la Libertadores 2012
- Fluminense 0-2 Boca, por la fase de grupos de la Libertadores 2012
- Boca 1-0 Fluminense, por la ida de los cuartos de la Libertadores 2012
- Fluminense 1-1 Boca, por la vuelta de los cuartos de la Libertadores 2012