Mietnras estaba en la escuela de negocios de la Universidad de Stanford, Galperín comenzó Mercado Libre. El proyecto recibió fondos de JPMorgan Partners, Flatiron Partners, Goldman Sachs, GE Capital y Banco Santander Central Hispano.
En septiembre de 2001, eBay adquirió el 19,5% de MercadoLibre a cambio de Ibazar, la filial brasileña recientemente adquirida de eBay. En esta transacción, MercadoLibre también se convirtió en el socio exclusivo de eBay para la región latinoamericana. En noviembre de 2019, la empresa ya estaba valuada en 2.2 miles de millones.
El empresario es considerado uno de los principales emprendedores de internet en América Latina. Recibió un premio Konex en 2008 y un premio Konex Platino en 2018.
En 1999 fue seleccionado como emprendedor Endeavor y actualmente es miembro del directorio de la organización dedicada a apoyar a emprendedores en países emergentes. También integra el directorio de Onapsis, empresa líder en seguridad de aplicaciones críticas para el negocio, e inversor en COR, una herramienta inteligente de gestión de proyectos que predice y rastrea la rentabilidad en tiempo real.
Además de trabajar en MercadoLibre, Galperin forma parte del consejo de administración en Globant.