A lo largo de su vida (se recibió de profesor de guitarra a los 12 años, pero a los ocho debutó en televisión acompañando al poeta Jaime Dávalos en Canal 7), realizó nueve giras por Estados Unidos, 11 por Japón y recorrió Europa, Turquía, China y Latinoamérica.
En esa travesía, Juanjo acompañó a Raúl Barboza, Rubén Juárez, Hugo Marcel, Alberto Morán, Alberto Echagüe, María Graña, Alberto Podestá, Horacio Molina, Armando Manzanero, Chango Nieto, María Martha Serra Lima y Virginia Luque, entre otras figuras, aunque dos de sus máximos lazos estéticos hayan sido con Roberto Goyeneche y Horacio Guarany.
Con "El Polaco" estableció una intimidad que coincidió con el momento de mayor masividad del estilo del intérprete tanguero quien presentaba al guitarrista como "a mi orquesta".
El guitarrista y compositor tucumano Juan Falú señaló a Télam que Juanjo Domínguez era un señor de la guitarra, fue alguien que la dominó y la amó como pocos"
Domínguez también se animó, por ejemplo, a acompañar a Andrés Calamaro en dos de los tangos ("Como dos extraños" y "Melodía de arrabal") que el ex Abuelos de la Nada y Los Rodríguez registró para su disco "Tinta roja" (2006).
Cansado de lidiar con las compañías discográficas creó su propio sello Junín Record y, en 2005 recibió el premio Konex como uno de los mejores instrumentistas de la última década en la Argentina.
Además registró 10 álbumes en solitario ("Latinoamericano", "Mis tangos preferidos I y II", "Eterno", "Sin red" y "Del corazón al pueblo"), junto a otros discos exclusivamente enfocados en las obras de Carlos Gardel (2004), Chabuca Granda (2014), Alfredo Zitarrosa (2016) y The Beatles (2016).
Acerca de esos tres últimos trabajos de tributo, el músico dijo en abril de 2015: "Yo le puse mi propio sello, mi manera personal de tocar, que con los años creo que es más sabia porque uno va superando etapas. Si se quiere, están tocados de una forma clásica porque yo quiero que los puedan escuchar todos".
Del homenaje a Granda comentó que "por Chabuca siempre tuve una terrible admiración porque era una cantante con una personalidad abrumadora. Ella era música, tocaba el piano y sus letras tienen alusiones a cosas reales y cotidianas. Eso siempre me impactó mucho".
En relación al disco dedicado a Zitarrosa, apuntó: "Yo lo grabé con otra onda muy diferente a las violas de Alfredo, así que se trata de interpretaciones diferentes". "Y lo mismo -señaló entonces- ocurre con Los Beatles, que son personajes que marcaron una época y están en el oído de toda la gente".
El músico falleció en Buenos Aires a los 67 años y a causa de una larga en enfermedad.