Novak, cercana políticamente al primer ministro Viktor Orban, reconoció haber cometido "un error" por su amnistía, que concedió durante una visita del papa Francisco a Budapest.
El ex subdirector del hogar de menores había sido condenado en 2022 a más de tres años de cárcel por encubrir los abusos sexuales.
La oposición húngara había pedido la renuncia de Novak, ex ministra de Asuntos de la Familia, desde que el portal de noticias independiente 444 revelase la decisión.
Para reemplazar a Novak, el partido gobernante Fidesz apostó por un perfil mucho más discreto y sin filiación política.
De esta manera, Orban busca cerrar un escándalo que desencadenó importantes manifestaciones en el país en febrero, con 130.000 personas.
Novak era desde marzo de 2022 la primera mujer presidenta de Hungría, un cargo principalmente protocolar.