Luego de su regreso a la Argentina, firmó con Colón, el club de sus amores, donde apenas jugó un partido durante la pandemia. En ese entonces, Fernández pasó buena parte de la cuarentena en el predio del Sabalero entrenándose y todo parecía indicar que había dejado atrás los problemas. Sumó minutos en la Copa Diego Maradona, con un partido como titular, tres entrando desde el banco y hasta un gol a Independiente.
Después de eso, las cosas volvieron a complicarse: primero fue marginado de plantel por Eduardo Domínguez, tras un problema con uno de sus colaboradores, y no fue a entrenarse con el preparador físico que le habían asignado para trabajar a contraturno.
Ante esa situación, desde Colón decidieron que no juegue más en lo que restaba del campeonato, y todo desencadenó una nueva recaída en su adicción, por la cual pasó días muy malos y obligó a la familia a tomar la decisión de internarlo en una clínica de rehabilitación en la provincia de Buenos Aires.
Tras la internación, el futbolista arribó a Ferro donde supo lucirse, aunque, como sucedió en sus anteriores clubes, no pudo sostener sus buenos momentos en la cancha por los inconvenientes personales que sufre fuera de ella.
Tras su paso por el Verdolaga (se perdió la polémica semifinal del Reducido contra Quilmes), Fernández regresó a Colón en enero de 2022 y, si bien Julio Falcioni había mostrado interés en contar con el delantero para afrontar la Copa Libertadores 2022 y el torneo argentino, el jugador no tuvo constancia en la pretemporada y también sumó varios faltazos sin avisar a las prácticas, por lo que la dirigencia sabalera tomó la decisión de no contar con él. Tras esa determinación, Christian Bragarnik, representante de Brian, arregló un préstamo hasta diciembre de 2022 con Deportivo Madryn.