Fue señalado como el responsable de dos graves atentados en los que asesinaron a dos magistrados antimafia en 1992: Paolo Borsellino y Giovanni Falcone. También murieron la esposa de Falcone y ocho agentes. También asesinó a un niño de 12 años (a quien tenía secuestrado), hijo de otro mafioso que se arrepintió y contó crímenes encargados por Messina Denaro. Para que jamás fuera encontrado, ordenó disolver sus restos en ácido.
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Messina estuvo en la clandestinidad y prófugo 30 años, por lo que la policía fue cambiando la posible apariencia de su rostro en todo ese tiempo (Foto: gentileza Mediasset).
Por eso pasó a ser considerado como el mafioso más buscado de Italia. Pese a lo cual, logró permanecer libre durante 30 años con total impunidad.
Es por eso que en el año 2020 fue condenado en ausencia por la justicia italiana. Finalmente, en enero de ese año se montó todo un operativo para detenerlo, sabiendo que iba a ir a una clínica de Palermo, la capital de Sicilia, para tratarse del tumor de colon.
La justicia y la policía italiana siguen con atención qué puede ocurrir a partir de su muerte. Era considerado el "último capomafia", pero no porque no haya más, sino porque ahora comienza la "sucesión" por heredar su poder.