En cuanto a las internas de gabinete, desde que asumió se habló de una tensa relación con el ministro de Hacienda, Nicolás Dujovne, con quien habría tenido fuertes diferencias en la política monetaria. "Es ficción", aseguró el propio Caputo a mediados de agosto, en una convención del Instituto Argentino de Ejecutivos de Finanzas, para intentar despejar los rumores.
El ahora ex presidente del BCRA llegó a ministro de Finanzas el 10 de enero de 2017, en reemplazo de Alfonso Prat-Gay, quien dejó la titularidad del hasta entonces Ministerio de Hacienda y Finanzas, en el que Caputo ocupaba la Secretaría de Finanzas.
Su paso por la función pública también estuvo envuelto en una polémica porque su nombre apareció en los Paradise Papers, la filtración de documentos sobre paraísos fiscales que llevó adelante un consorcio internacional de periodistas de Investigación, con inversiones en las islas Caimán y Delaware.
En sus antecedentes en el mercado financiero, se destacan la conducción de la administradora de fondos comunes de inversión Axis, fue jefe de Trading para Europa del Este y América Latina del Deutsche Bank en Londres entre 1998 y 2003, y la jefatura de Trading de América Latina para JP Morgan en Nueva York, entre 1994 y 1998.