En ese ciclo consiguió dos títulos en 2015: el torneo de Primera División y la Copa Argentina. También tuvo cruces importantes en el plano internacional, con las eliminaciones ante River en la Copa Sudamericana 2014 y en la Copa Libertadores 2015, en la serie marcada por el episodio del gas pimienta.
Su etapa terminó en marzo de 2016, luego de la derrota por 4 a 0 ante San Lorenzo en la final de la Supercopa Argentina.
Además de su paso como entrenador, Arruabarrena mantiene una fuerte identificación con el club: surgió de las inferiores de Boca y fue campeón de la Copa Libertadores 2000, además de los torneos Apertura 1998 y Clausura 1999 como jugador, antes de continuar su carrera en el fútbol europeo.