Daniele De Rossi marcó su primer gol en Boca, de cabeza a los 27 minutos de la primera mitad, mientras que Juan Manuel Martínez, justo un ex Xeneize, lo empató a ocho minutos del final tras un error defensivo de Junior Alonso.
Almagro jugará ahora en octavos de final ante el ganador del cruce entre Talleres de Córdoba y Banfield.
Boca: Marcos Díaz; Weigandt, López, Alonso, Fabra; Salvio, Capaldo, De Rossi, Alexis MacAllister; Zárate y Ábila. DT: Gustavo Alfaro.
Almagro: Christian Limousin; Gonzalo Jaque, Nicolás Arrechea, Sebastián Diana, Ramiro Arias; Braian Benítez, Gustavo Turraca, Lucas Wilchez; Juan Manuel Martínez, Agustín Coscia y Ezequiel Denis. DT: Carlos Mayor.