En diciembre de ese año se produjo el tercer y último título anual: el Apertura 2000. Luego de pelear cabeza a cabeza con River, el equipo de Bianchi le ganó 1-0 a Estudiantes para quedarse con la tercer conquista a nivel local del ciclo.
Boca bicampeón de la Copa Libertadores (2001) de la mano de Bianchi
Al igual que el equipo del Toto Juan Carlos Lorenzo en 1977-1978, Boca festejó en años consecutivos la Copa Libertadores. En la del 2001 logró el bicampeonato al imponerse ante Cruz Azul por penales.
Luego de la segunda Libertadores y tras caer en la final de la Copa Intercontinental ante Bayern Munich, Bianchi decidió dar un paso a costado. Sin embargo, su alejamiento fue efímero ya que en 2003 volvió ni más ni menos que para repetir la hazaña.
La última Copa Intercontinental que ganó Boca (y un equipo argentino): ante Milan, en 2003
El 2003 fue un año perfecto para el Boca de Bianchi. Esa temporada, en julio, se coronó en la Copa Libertadores frente al Santos con un 5-1 en el global. Para continuar festejando, antes de viajar a Japón conquistó el Apertura dos fechas antes de su finalización.
Posteriormente, el equipo de La Ribera viajó a Japón para disputar la Copa Intercontinental, la cual ganó a mediados de diciembre ante el Milán. Después del 1-1 en el tiempo reglamentario, se hizo fuerte otra vez en los penales y ganó por 3-1 para levantar por tercer vez en su historia el máximo título a nivel clubes. En La Boca, de nuevo, se festejó la triple corona.
Todos los títulos de Carlos Bianchi en Boca
- Torneo Apertura 1998
- Torneo Clausura 1999
- Copa Libertadores 2000
- Torneo Apertura 2000
- Copa Intercontinental 2000
- Copa Libertadores 2001
- Copa Libertadores 2003
- Torneo Apertura 2003
- Copa Intercontinental 2003