Ambos comenzaron su carrera futbolística en las divisiones inferiores de Newell's Old Boys y más tarde se unieron a Estudiantes de La Plata. Mientras Lionel se destacaba rápidamente en el primer equipo, Mauro tuvo que conformarse con un lugar en la reserva del club.
El destino tomó rumbos diferentes para los hermanos cuando Lionel fue convocado al seleccionado Sub 20, bajo la dirección de José Pekerman, logrando el título en el Mundial de Malasia 1997. Sin embargo, las oportunidades de Mauro se vieron limitadas y, a través de la gestión de su padre, ambos Scaloni recalaron en el Deportivo La Coruña.
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Lionel Scaloni, técnico del seleccionado argentino (Foto: archivo).
A pesar de esta transferencia, Mauro se encontró nuevamente relegado y terminó integrando el equipo filial del Deportivo La Coruña, el Deportivo Fabril, que competía en la Segunda B del fútbol español. Permaneció en este equipo durante nueve años, hasta que en 2006 decidió poner fin a su vínculo con el club.
Por otro lado, su hermano Lionel continuó su carrera en el fútbol europeo, pasando por clubes como Racing de Santander, Lazio, Mallorca y Atalanta, antes de retirarse en 2015. Mauro, en cambio, optó por regresar a su lugar de origen, dando por finalizada su carrera futbolística y retornando a su hogar en Santa Fe.