Regresó a la función pública en 2008, cuando fue nombrado presidente del Banco de la Ciudad de Buenos Aires en la gestión de Mauricio Macri como jefe de Gobierno porteño. Fue electo diputado nacional por la Ciudad por el PRO.
Entre diciembre de 2015 y junio de 2018, durante la primera parte de la presidencia de Mauricio Macri, presidió el Banco Central de la República Argentina. En junio de 2018 renunció a su puesto, en el medio de una corrida cambiaria.
Paradójicamente, su retorno al Estado se había producido en medio de una corrida generada por su sucesor en la presidencia del BCRA, Luis Caputo.
Sturzenegger había pergeñado su “Ley Ómnibus” para Patricia Bullrich. Como la actual ministra de Seguridad, cambió de bando para cumplir su cometido y avanzar con sus proyectos. Fue autor del DNU 70/2023 y de la Ley Bases, y estuvo manejando detrás de escena las negociones para que su ley se vote en Diputados el pasado verano.
Se supo que ese rol en las sombras, generó malestar en el diputado que podía lograr que se aprobara dicho mamotreto, Miguel Ángel Pichetto, quien dijo que no conversaría con “ese estúpido”. Finalmente, su deseo se cumplió, aunque con modificaciones, al ser aprobada la Ley de Bases.
Milei había blanqueado la pertenencia de Sturzenegger al gobierno al darle en enero la Unidad Transitoria para la Desregulación de la Economía, con oficina en la quinta de Olivos. El 5 de julio juró a las 18 ante Javier Milei. Según el Decreto 585/2024, que modifica la Ley de Ministerios, su cartera tendrá un total de 27 atribuciones. Sus funciones comprenden casi totalmente la vida pública del país, apunta a desregularizar el sistema normativo vigente, por lo que en varios puntos se sobrepone a las funciones de otros ministerios. Por eso en el DNU se aclara que deberá hacerlo en coordinación con el área correspondiente.
La primera misión del nuevo ministro del libertario Milei será que se apruebe la "Ley Hojarasca", también de su autoría, que pretende eliminar las regulaciones que puedan entorpecer el funcionamiento de la economía.
Es conocida la mala relación con Luis Caputo mientras estuvieron en el gobierno de Macri, lo que genera incertidumbre ante un posible nuevo choque y cómo reaccionarán los mercados ante el advenimiento de este nuevo ministro que toca todas las áreas del Estado.