El delantero colombiano y figura de Boca Juniors, quien permanece en libertad, fue denunciado penalmente en abril de 2020 por su expareja Daniela Cortés, quien difundió imágenes a través de las redes sociales.
El querellante Fernando Burlando explicó entonces que la mujer realizó la denuncia ante la fiscalía de Esteban Echeverría número 3 especializada en Violencia de Género, a cargo de Vanesa González y su adjunta Verónica Pérez, en la que se lo acusó de "de amenazas, violencia de género y lesiones y se pidió una restricción de acercamiento".
Cortés, también colombiana y quien entonces era pareja del jugador, difundió un video con imágenes suyas visiblemente golpeada y además relató hechos violentos vividos al lado del futbolista, a quien calificó como "un maltratador, tanto en lo físico como en lo psicológico".
En junio de 2021, la Cámara Penal de Lomas de Zamora confirmó la elevación a juicio de esa causa a requerimiento del juez de Garantías de ese distrito Javier Maffucci Moore, el mismo que interviene en el segundo caso de violencia de género que involucra al futbolista.
Este segundo episodio fue denunciado por una joven de 26 años el 13 de mayo último ante la Unidad Funcional de Instrucción 3 de Esteban Echeverría y, si bien las fiscales solicitaron la inmediata detención de Sebastián Villa, el juez Maffucci Moore rechazó el planteo y sugirió profundizar la investigación.