En 2017 volvió al club como mánager y su primera gran decisión fue la contratación de Eduardo Coudet como entrenador. Bajo su gestión llegaron figuras clave como Leonardo Sigali, Nery Domínguez y Gabriel Arias, que fueron determinantes para la obtención de la Superliga 2018/19 y el Trofeo de Campeones 2019.
Tras su salida en 2020 por diferencias con la dirigencia, Milito regresó en 2024 como presidente y, en su primer torneo oficial, volvió a festejar. Racing levantó la Recopa Sudamericana y se consolidó como un equipo con aspiraciones internacionales.
Con él en los despachos y Gustavo Costas en el banco, Racing parece haber encontrado el camino para seguir en la cima. Ahora, con la Copa Libertadores en el horizonte, el club apunta a seguir ampliando su historia.