Elogiado por su capacidad de gestión, Thomas diseñó un sistema informático para controlar, desde su computadora, todo lo que pasaba en la empresa. Decía que Yacyretá no fue un monumento a la corrupción, sino a la improvisación. Contralaba todo desde las oficinas en Catalinas y La Casita, un inmueble que alquiló frente a la sede de Posadas de la empresa.
En 2015, Thomas presentó su renuncia y al poco tiempo comenzaron a surgir las primeras irregularidades. Por ejemplo, la modificación de una resolución que le permitió cobrar una indemnización de 4 millones de pesos junto a otros consejeros. Finalmente, ante la difusión que tomó el caso, devolvió el dinero.
Otra polémica que caracterizó su gestión fue la contratación del abogado César Santiago, quien era asesor legal de Yacyretá y posteriormente fue nombrado juez del Superior Tribunal de Justicia de Misiones. Santiago siguió cobrando como asesor pese a que no le correspondía por su cargo. La empresa, además, le pagaba la cuota de la prepaga. Al final, Santiago tuvo que presentar su renuncia.
Un detalle a tener en cuenta: aseguran que del mismo modo que lo hizo el chofer Oscar Centeno, Thomas registró cada detalle de lo hecho en Yacyretá en 18 cuadernos de hojas cuadriculadas. Esos escritos permanecen celosamente guardados.