Durante la investigación también se analizó la aplicación del artículo 210 bis del Código Penal, vinculado con organizaciones destinadas a cometer delitos contra el orden constitucional y que establece penas más elevadas. Esa figura tampoco formó parte de la resolución final.
La investigación sostenía como hipótesis que Jones Huala había tenido durante años un rol de liderazgo dentro de la RAM. El expediente había sido declarado de investigación compleja y, mientras avanzaban las medidas de prueba, se dispusieron distintas prórrogas de su prisión preventiva.
El acuerdo entre la Fiscalía y la defensa
La calificación legal de los hechos fue uno de los principales puntos discutidos durante las negociaciones entre las partes. La Fiscalía había sostenido inicialmente una acusación más grave, mientras que la defensa se opuso a esa postura y buscó que el acuerdo quedara concentrado en la participación de Jones Huala dentro de la RAM.
En el expediente también se tuvo en cuenta una condena anterior recibida por el dirigente mapuche en Chile.
Finalmente, el acuerdo fue homologado por el juez federal de Bariloche, Leandro Gómez Constenla, y la causa quedó resuelta mediante el mecanismo de juicio abreviado.