El Congreso fue convocado cuando la Santa Alianza promovía en Europa la restauración monárquica y combatía los movimientos liberales y democráticos. Las provincias fueron convocadas para reunirse en Tucumán y enviaron sus diputados. Estuvieron incluidas algunas del Alto Perú, por entonces en manos realistas, pero no participaron Santa Fe, Corrientes, Entre Ríos y la Banda Oriental, por diferencias políticas. Entre los congresistas predominaba el sentimiento antiporteño, ya que, en ese entonces, había un notorio disgusto de los pueblos del interior con Buenos Aires.
Las sesiones comenzaron el 24 de marzo de 1816, con Álvarez Thomas como Director Supremo, en la casa de doña Francisca Bazán de Laguna, y fueron anunciadas por una salva de 21 cañonazos. Poco tiempo después, Álvarez Thomas renunció, y el 16 de abril fue reemplazado por Antonio González Balcarce, que también renunció a su cargo. El 3 de mayo, Juan Martín de Pueyrredón, del grupo porteño, fue elegido Director Supremo, con el objetivo de pacificar y unir a todo el territorio.
Tras una serie de medidas y después de arduas discusiones acerca de la forma de gobierno, el 9 de julio de 1816, a pedido del diputado jujeño Teodoro Sánchez de Bustamante, se discutió el proyecto de Declaración de la Independencia. Tras tres meses y medio de sesiones, el Congreso proclamó este día la existencia de una nueva nación libre e independiente de España u otras naciones: las Provincias Unidas de Sud América.
La pregunta que selló la independencia.
El diputado sanjuanino Francisco Narciso de Laprida preguntó: "¿Queréis que las Provincias de la Unión sean una Nación libre e independiente de los reyes de España y su metrópoli?". Todos los diputados contestaron afirmativamente. De inmediato, se labró el Acta de la Emancipación.