El entrenador Sebastián Beccacece lo utilizó como central en la Selección Sub-20, inicialmente para conformar una línea de tres defensores. Al sentirse cómodo en dicho sector, los clubes europeos tomaron nota de su polifuncionalidad. En 2020, dio el salto a Europa al ser transferido al Lens de Francia por una cifra de 5 millones de dólares, consolidando un crecimiento técnico que llamó de inmediato la atención de Lionel Scaloni.
Cuándo debutó Facundo Medina en la Selección Argentina mayor y qué torneos disputó
El seleccionador nacional lo convocó por primera vez para la fecha FIFA de octubre de 2020, haciendo su debut absoluto al ingresar un minuto en la histórica victoria frente a Bolivia en La Paz, un encuentro que rompió una racha negativa de 15 años sin triunfos visitantes en territorio boliviano.
Con el correr del proceso, Medina sumó ocho partidos oficiales con la camiseta mayor y le ganó la pulseada a Marcos Acuña para integrar la lista definitiva del Mundial 2026 gracias a su versatilidad para ocupar diferentes puestos de la defensa. Además, en su recorrido internacional, el defensor formó parte de la Selección Olímpica en los Juegos Olímpicos de París 2024, certamen donde el equipo quedó eliminado en los cuartos de final tras perder 1 a 0 en un polémico partido ante Francia, compartiendo plantel en aquella cita con futbolistas que hoy están en la Mayor como Gerónimo Rulli, Nicolás Otamendi, Thiago Almada, Julián Álvarez y Giuliano Simeone.