Si bien su estilo de juego fue criticado y considerado una continuidad de los ciclos anteriores, Almirón logró guiar a Boca a la final de la Copa Libertadores tras cinco años de ausencia. La travesía estuvo marcada por fases eliminatorias muy ajustadas, resueltas en tanda de penales y con un Sergio Romero que brilló al atajar al menos dos remates por serie, dejando en el camino a Nacional, Racing y Palmeiras. Sin embargo, en la final del 4 de noviembre en el Maracaná, el equipo cayó 2-1 ante Fluminense, despidiéndose del sueño de la séptima conquista.
La ilusión de los hinchas por obtener el ansiado trofeo opacó el flojo desempeño del equipo en las competiciones locales, lo que culminó con la clasificación a la Copa Sudamericana para la temporada actual. Boca no pudo levantar ningún título en los torneos semestrales, quedó fuera del top-3 en la tabla anual y también perdió la semifinal de la Copa Argentina contra Estudiantes de La Plata.
Tras el revés en el Maracaná, Almirón renunció a su cargo poco después de que el plantel regresara a Buenos Aires. Diego Martínez fue su sucesor. En su etapa al mando del Xeneize, Almirón dejó un saldo de 17 victorias, 13 empates y 13 derrotas, con un 50% de efectividad en menos de un año.