La notoriedad de Emmanuel y de su familia se intensificó luego de los allanamientos ordenados por la Justicia federal, tras la difusión de audios que sugieren posibles retornos ilícitos en la provisión de medicamentos. Las grabaciones también involucran a figuras del oficialismo, como los hermanos Martín y Eduardo “Lule” Menem. Durante los procedimientos se secuestraron documentación contable y dispositivos electrónicos en los domicilios de los distintos integrantes del grupo.
La influencia política de los Kovalivker se ve reforzada por los vínculos de Jonathan Kovalivker con el expresidente Mauricio Macri, con quien incluso juega al pádel, y su participación en tareas de fiscalización electoral para La Libertad Avanza.
Los allanamientos fueron solicitados por el juez federal Sebastián Casanello a pedido del fiscal Franco Picardi. Se inspeccionaron las sedes de la ANDIS y de Suizo Argentina, donde la Superintendencia de Investigaciones y Cibercrimen de la Policía de la Ciudad secuestró computadoras y documentación relacionada con licitaciones y compras de medicamentos.
También se allanó la vivienda de Emmanuel Kovalivker en Nordelta, donde se encontró el dinero en sobres dentro de su auto. Además, le secuestraron el celular y el pasaporte.
Se llevaron a cabo procedimientos similares en los domicilios registrados a nombre de Spagnuolo, con el objetivo de incautar su teléfono. Aunque inicialmente no fue localizado, más tarde la Policía lo encontró manejando en un country de Pilar y le secuestró el celular.
Los allanamientos no implicaron órdenes de detención, sino la obtención de material que permita avanzar en la investigación iniciada por la denuncia presentada por el abogado Gregorio Dalbón, que solicita investigar los hechos por cohecho, administración fraudulenta, negociaciones incompatibles con funciones públicas, infracción a la ley de ética pública y posible asociación ilícita.